Il reste encore des questions sur la manière dont la stomatite vésiculaire est transmise et pourquoi elle ne survient que sporadiquement aux États-Unis.
La maladie est répartie uniquement en Amérique du Nord, Centrale et du Sud, avec une incidence plus élevée dans les régions chaudes. En raison de l'apparition saisonnière de la SV de l'été au début de l'automne, on pense que des insectes tels que les mouches piqueuses et les moucherons contribuent au maintien du cycle de vie du virus. Les simulies, les phlébotomes et les moucherons sont connus pour transmettre le virus, mais il pourrait y avoir d'autres vecteurs insectes qui n'ont pas encore été identifiés.
La SV peut également être transmise de cheval à cheval par contact avec la salive ou le liquide provenant de cloques éclatées.
Le contact physique entre animaux, ou le contact avec des seaux, du matériel, des logements, des remorques, de la nourriture, de la litière, des abreuvoirs partagés ou d'autres objets utilisés par un cheval infecté peut constituer un moyen facile de propagation.