Los caballos tienen solo tres colores base: Alazán, Negro o Castaño.

Estos diferentes colores están controlados por 2 loci, el Extensión (Rojo/Negro) y Agouti.

El locus Extensión controla la producción de pigmento negro o rojo en todo el pelaje. El alelo para el color negro (E) es dominante sobre el alelo rojo (e), por lo que un caballo solo necesita una copia del alelo negro para parecer de base negra. Pero si el caballo tiene dos alelos (e/e) aparecerá Castaño.

El locus Agouti puede entonces modificar el pigmento negro desplazándolo hacia las extremidades del caballo, creando un Alazán. El Agouti A alelo es dominante, por lo que un caballo con pigmento negro solo necesita una copia (heterocigoto) del A alelo para parecer Alazán. El Agouti (a) alelo es recesivo, por lo tanto, un caballo necesita dos copias (homocigoto) del alelo recesivo (a) en el locus Agouti para parecer Negro.

Agouti no tiene efecto sobre el pigmento rojo, pero el alelo rojo (e) es dominante sobre el (a) alelo. Esto significa que un caballo Castaño (e/e) puede portar una o dos copias del alelo recesivo Agouti (a) y no se verá diferente de los caballos castaños con alelos dominantes Agouti (e/e a/a, e/e A/a, e/e A/A).