Les chevaux n'ont que trois couleurs de base : Bai, Noir ou Alezan.

Ces différentes couleurs sont contrôlées par 2 loci, le Extension (Rouge/Noir) et Agouti.

Le locus Extension contrôle la production de pigment noir ou rouge sur tout le pelage. L'allèle pour la couleur noire (E) est dominant sur l'allèle rouge (e), donc un cheval n'a besoin que d'une copie de l'allèle noir pour apparaître de base noire. Mais si le cheval a deux allèles (e/e), il apparaîtra Alezan.

Le locus Agouti peut alors modifier le pigment noir en le concentrant sur les extrémités du cheval, créant un Bai. L'allèle Agouti A est dominant, donc un cheval à pigmentation noire n'a besoin que d'une copie (hétérozygote) de l'allèle A pour apparaître Bai. L'allèle Agouti (a) est récessif, ainsi un cheval a besoin de deux copies (homozygote) de l'allèle récessif (a) au locus Agouti pour apparaître Noir.

Agouti n'a aucun effet sur le pigment rouge, mais l'allèle rouge (e) est dominant sur l'allèle (a). Cela signifie qu'un cheval Alezan (e/e) peut porter une ou deux copies de l'allèle récessif Agouti (a) et ne sera pas différent des chevaux alezans avec des allèles dominants Agouti (e/e a/a, e/e A/a, e/e A/A).