Ci sono ancora alcune domande su come viene trasmessa la stomatite vescicolare e perché si verifica solo sporadicamente negli Stati Uniti.
La malattia è distribuita solo in Nord, Centro e Sud America, con una maggiore incidenza nelle regioni più calde. A causa della comparsa stagionale della SV durante l'estate fino all'inizio dell'autunno, si ritiene che insetti come mosche pungenti e zanzare contribuiscano a mantenere il ciclo vitale del virus. Le mosche nere, le mosche della sabbia e le zanzare sono note per trasmettere il virus, ma potrebbero esserci altri vettori insetti non ancora identificati.
La SV può anche essere trasmessa da cavallo a cavallo tramite il contatto con saliva o liquido proveniente da vesciche rotte.
Il contatto fisico tra animali, o il contatto con secchi, attrezzature, alloggi, rimorchi, mangimi, lettiere, abbeveratoi condivisi o altri oggetti usati da un cavallo infetto può fornire un mezzo facile di diffusione.