A garrotilha é causada pela exposição oral de um cavalo a S. equi bactérias. Uma vez na cavidade oral, as bactérias invadem as amígdalas e subsequentemente colonizam os gânglios linfáticos.
As bactérias podem ser transmitidas através do contacto com pus ou secreções nasais de um cavalo infetado, ou por cama ou equipamento do estábulo contaminados (bebedouros, baldes, etc.).
As moscas também podem atuar como vetores, espalhando as bactérias de cavalo para cavalo.
Em condições adequadas, S. equi podem sobreviver no ambiente durante semanas ou meses.
A exposição de um cavalo a S. equinão significa necessariamente que ele irá contrair garrotilha. Os fatores que influenciam o risco da doença incluem a dose de bactérias (má higiene e contacto direto com secreções nasais e pus aumentam a probabilidade da doença); estado imunitário do cavalo. Cavalos previamente expostos são frequentemente imunes à doença ou não ficam tão doentes como os não expostos. Durante os primeiros três a seis meses de vida, os poldros são frequentemente protegidos por anticorpos maternos. A vacinação também pode aumentar a resistência à doença; stress (má nutrição, superlotação, transporte prolongado ou doenças pré-existentes aumentam o risco de garrotilha).
A garrotilha pode ser transmitida por “portadores silenciosos” que não apresentam sinais da doença. Estes cavalos normalmente transportam o organismo da garrotilha na bolsa gutural, um saco de ar na parte de trás da garganta do cavalo. A deteção destes animais requer endoscopia da bolsa gutural (passagem de um endoscópio pelo nariz do cavalo até à bolsa gutural). A garrotilha é mais frequentemente transmitida por cavalos acutamente doentes ou em recuperação que ainda estão a eliminar bactérias nas suas secreções nasais. Os resultados da cultura bacteriana demoram entre 2 a 3 dias. O teste de ADN conhecido como Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) demora menos de um dia. No entanto, pode levar mais 1 a 2 dias para enviar as amostras para o laboratório.