Os cavalos têm apenas três cores base: Baio, Preto ou Castanho.

Estas diferentes cores são controladas por 2 loci, o Extension (Vermelho/Preto) e o Agouti.

O locus Extension controla a produção de pigmento preto ou vermelho por todo o pelo. O alelo para a cor preta (E) é dominante sobre o alelo vermelho (e), por isso um cavalo só precisa de uma cópia do alelo preto para parecer de base preta. Mas se o cavalo tiver dois alelos (e/e) parecerá Castanho.

O locus Agouti pode então modificar o pigmento preto, concentrando-o nos pontos do cavalo, criando um Baio. O alelo Agouti A é dominante, por isso um cavalo com pigmentação preta só precisa de uma cópia (heterozigótico) do alelo A para parecer Baio. O alelo Agouti (a) é recessivo, assim, um cavalo precisa de duas cópias (homozigótico) do alelo recessivo (a) no locus Agouti para parecer Preto.

Agouti não tem efeito sobre o pigmento vermelho, mas o alelo vermelho (e) é dominante sobre o alelo (a). Isto significa que um cavalo Castanho (e/e) pode carregar uma ou duas cópias do alelo recessivo Agouti (a) e não terá aparência diferente dos cavalos castanhos com alelos dominantes Agouti (e/e a/a, e/e A/a, e/e A/A).